José Juan Flores Maldonado es un biólogo por la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Autónoma de Nuevo León, donde también cursó su Doctorado en Ciencias con acentuación en Manejo de Vida Silvestre y Desarrollo Sustentable. Su formación ha sido complementada con diplomados y cursos en gestión de áreas naturales protegidas, planeación sistemática de la conservación, agroforestería, manejo regenerativo y diseño de proyectos productivos sostenibles.
A lo largo de su carrera, ha coordinado múltiples proyectos de conservación, entre ellos la protección del murciélago magueyero mayor y el monitoreo de la migración de la mariposa Monarca. El enfoque de sus proyectos implica el desarrollo de la agroforestería, el diseño hidrológico y la planeación territorial comunitaria para la restauración y conservación. También ha participado en estudios clave para la declaratoria de Áreas Naturales Protegidas en México. Sus investigaciones han sido publicadas en revistas científicas y presentadas en congresos internacionales. Actualmente, es director ejecutivo de Especies, Sociedad y Hábitat, A.C., desde donde lidera iniciativas de conservación en México.